Le FC Thônex a été fondé en 1907, par un groupe d’une dizaine d’écoliers. M. René GILBERT en fut le premier président. Les premiers pas du Club furent difficiles avec un effectif de joueurs réduit et composé en majorité de jeunes de 14 et 15 ans. Trois ans plus tard, le FC Thônex fut officiellement admis au sein de l'ACGF où il disputa tout d'abord le championnat juniors avant d'être promu en série D, en 1912.
Dès 1924, il prit le nom de CS Chênois, plus représentatif de la composition de ses effectifs qui se recrutent dans les trois "Chêne" et destiné à faciliter les relations avec les autorités des trois communes chênoises.
Son but énoncé par la belle et vieille devise : Mens sana in corpore sano et vise donc à l’amélioration de la santé physique et morale de la jeunesse.
A cette fin, il conseille aux jeunes gens de pratiquer les sports et plus particulièrement le football et l’athlétisme.
L’émulation des championnats auxquels ils participent et l’utilité des exercices qu’ils pratiquent contribuent largement au maintien ou à l’amélioration de la santé des sportifs.
Cette situation attire la bienveillance de tous ceux qui ne restent pas indifférents devant l’important problème de la santé publique.
Nous nous devons de reconnaître ici que la porspérité actuelle de notre club est dûe dans une large mesure à la sympathie que lui témoignent la population chênoise et les Municipalités de Chêne-Bougeries, Chêne-Bourg et Thônex, qui, par leur soutien financier, nous ont permis d’améliorer nos structures et l’encadrement des jeunes.
1963-1964 : promotion en 1ère ligue

Debouts de g. à dr. : Rothlisberger (coach), Schweitzer, Piguet, Roagna, Landolt, Hunziker, Baeriswyl, Dupuis (Entraineur), Decrey (Président) Arragain (ACGFA). Accroupis : Mauron, C. Staempfli, Geiser, R. Staempfli, Rivollet, Michela, Grangier, Toso. Manquent : Buhlmann et Born.
1970-1971 : promotion en LNB

Debouts de g. à dr. : Liechti, Favre, Langenstein, Fritsche, Techtermann, Henry, Pazmandy (Entraîneur-Joueur), Hagen, Moos (soigneur)
Accroupis : Scalansky, Binggeli, Schmidt, Brignolo, Viredaz, Meier, Bacciochi. Manque : Frei
1972-1973 : promotion en LNA

Debouts de g. à dr. : Pazmandy (Entraineur), Hosp, Liechti, Pizzetta, Bizini, Nuesch, Hagen, Fritsche.
Accroupis : Malbaski, Langenstein, Bacciochi, Clivaz, Salamin, Kurz, Messerli, Rieder, Samba
Manquent : Garcia, Schweiler, Meier, Bersier
1991-1992 : promotion en LNB

Derrière de g. à dr. : Mattioli, Alberton, Biscaye, Gissi, Dimic, Aeschlimann (Président), Auberson, Pizzinato, Vassali, Hadjami
Au milieu : Nunweiler (Entraineur), Per (Médecin), Isabella, Taddeo, Dusonchet, Coletti, Rodriguez, Novo, Roagna (coach), Mazzoli (comité)
Devant : Gianoli, Marguerat, Pagotto, Giunta
2007-2008 : promotion en 1ère ligue
